-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Makefile.include
187 lines (187 loc) · 11.4 KB
/
Makefile.include
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
iscan.o: src/iscan.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h src/zTools.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zSfeature.h src/zDNA.h \
src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zDuration.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h src/zHMM.h \
src/zAlnFeature.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zSeedUtils.h src/zTBTree.h \
src/zTrellis.h src/zViterbi.h
pairagon2estgen.o: src/pairagon2estgen.c src/ZOE.h src/zConseq.h \
src/zSequence.h src/zTools.h src/zFastaFile.h src/zProtein.h \
src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zEstseq.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zDuration.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h \
src/zModel.h src/zEstseqSearch.h src/zAlignmentScanner.h \
src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zStopSeq.h src/zGTF.h src/zHMM.h src/zAlnFeature.h src/zHMM_State.h \
src/zTransition.h src/zPhasePref.h src/zPairTransition.h \
src/zPairTrellis.h src/zSeedUtils.h src/zTBTree.h src/zTrellis.h \
src/zViterbi.h
pairagon.o: src/pairagon.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zSfeature.h src/zDNA.h \
src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zDuration.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h src/zHMM.h \
src/zAlnFeature.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zSeedUtils.h src/zTBTree.h \
src/zTrellis.h src/zViterbi.h src/zHardCoding.h
zAlignment.o: src/zAlignment.c src/zAlignment.h src/zFastaFile.h \
src/zTools.h src/zProtein.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h
zAlignmentScanner.o: src/zAlignmentScanner.c src/zAlignmentScanner.h \
src/zAlignment.h src/zFastaFile.h src/zTools.h src/zProtein.h \
src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zMath.h
zAlnFeature.o: src/zAlnFeature.c src/zHardCoding.h src/zHMM.h \
src/zAlnFeature.h src/zTools.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zSfeature.h src/zHMM_State.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zEstseq.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zStopSeq.h \
src/zTransition.h src/zPhasePref.h src/zGTF.h
zBNTreeModel.o: src/zBNTreeModel.c src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zMath.h src/zTools.h
zConseq.o: src/zConseq.c src/zConseq.h src/zSequence.h src/zTools.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zSfeature.h src/zDNA.h
zDistribution.o: src/zDistribution.c src/zDistribution.h src/zMath.h \
src/zTools.h
zDNA.o: src/zDNA.c src/zDNA.h src/zTools.h src/zSequence.h
zDuration.o: src/zDuration.c src/zDuration.h src/zDistribution.h \
src/zMath.h src/zTools.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h
zEstseq.o: src/zEstseq.c src/zEstseq.h src/zSequence.h src/zTools.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zSfeature.h src/zDNA.h
zEstseqSearch.o: src/zEstseqSearch.c src/zEstseqSearch.h src/zScanner.h \
src/zMath.h src/zTools.h src/zModel.h src/zSfeature.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h src/zEstseq.h src/zFastaFile.h src/zProtein.h \
src/zConseq.h
zFastaFile.o: src/zFastaFile.c src/zFastaFile.h src/zTools.h
zFeatureFactory.o: src/zFeatureFactory.c src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zMath.h src/zTools.h src/zModel.h src/zSfeature.h \
src/zDNA.h src/zSequence.h src/zEstseq.h src/zFastaFile.h \
src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h
zFloatwiseScoreAdd.o: src/zFloatwiseScoreAdd.c
zGTF.o: src/zGTF.c src/zGTF.h src/zSfeature.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zHardCoding.o: src/zHardCoding.c src/zHardCoding.h src/zHMM.h \
src/zAlnFeature.h src/zTools.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zMath.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zSfeature.h src/zHMM_State.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zEstseq.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zStopSeq.h \
src/zTransition.h src/zPhasePref.h src/zGTF.h
zHMM.o: src/zHMM.c src/zHMM.h src/zAlnFeature.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zMath.h src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zSfeature.h \
src/zHMM_State.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h \
src/zEstseq.h src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zConseq.h \
src/zEstseqSearch.h src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h \
src/zStopSeq.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h src/zGTF.h \
src/zHardCoding.h
zHMM_State.o: src/zHMM_State.c src/zHMM_State.h src/zSfeature.h \
src/zTools.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zMath.h src/zModel.h src/zEstseq.h src/zFastaFile.h \
src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zTransition.h
zMath.o: src/zMath.c src/zMath.h src/zTools.h
zModel.o: src/zModel.c src/zModel.h src/zMath.h src/zTools.h
zoe2gtf.o: src/zoe2gtf.c src/ZOE.h src/zConseq.h src/zSequence.h \
src/zTools.h src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zSfeature.h src/zDNA.h \
src/zEstseq.h src/zDistribution.h src/zMath.h src/zDuration.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zGTF.h src/zHMM.h \
src/zAlnFeature.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h src/zPhasePref.h \
src/zPairTransition.h src/zPairTrellis.h src/zSeedUtils.h src/zTBTree.h \
src/zTrellis.h src/zViterbi.h
zPairTransition.o: src/zPairTransition.c src/zTransition.h src/zMath.h \
src/zTools.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zEstseq.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zConseq.h \
src/zEstseqSearch.h src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h \
src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zPhasePref.h \
src/zGTF.h src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h
zPairTrellis.o: src/zPairTrellis.c src/zPairTrellis.h src/zAlnFeature.h \
src/zTools.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zFastaFile.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zMath.h src/zModel.h \
src/zSfeature.h src/zEstseq.h src/zProtein.h src/zConseq.h \
src/zEstseqSearch.h src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h \
src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h \
src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h \
src/zHardCoding.h
zPairViterbi.o: src/zPairViterbi.c src/zTBTree.h src/zTools.h \
src/zViterbi.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zAlnFeature.h src/zHMM.h src/zBNTreeModel.h src/bntree/bntree.h \
src/bntree/node.h src/bntree/cache.h src/bntree/celllistitem.h \
src/zMath.h src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h \
src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zModel.h src/zEstseq.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zStopSeq.h \
src/zTransition.h src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zTrellis.h \
src/zPairTrellis.h src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h \
src/zHardCoding.h
zPhasePref.o: src/zPhasePref.c src/zPhasePref.h src/zMath.h src/zTools.h \
src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h
zProtein.o: src/zProtein.c src/zProtein.h src/zFastaFile.h src/zTools.h
zScanner.o: src/zScanner.c src/zScanner.h src/zMath.h src/zTools.h \
src/zModel.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zEstseq.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zConseq.h
zSeedUtils.o: src/zSeedUtils.c src/zSeedUtils.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zSequence.o: src/zSequence.c src/zSequence.h src/zTools.h
zSfeature.o: src/zSfeature.c src/zSfeature.h src/zTools.h src/zDNA.h \
src/zSequence.h
zStopSeq.o: src/zStopSeq.c src/zStopSeq.h src/zScanner.h src/zMath.h \
src/zTools.h src/zModel.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h \
src/zEstseq.h src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zConseq.h
zTBTree.o: src/zTBTree.c src/zTBTree.h src/zTools.h
zTools.o: src/zTools.c src/zTools.h
zTransition.o: src/zTransition.c src/zTransition.h src/zMath.h \
src/zTools.h src/zSfeature.h src/zDNA.h src/zSequence.h src/zEstseq.h \
src/zFastaFile.h src/zProtein.h src/zTrellis.h src/zFeatureFactory.h \
src/zScanner.h src/zModel.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h src/zAlnFeature.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zPhasePref.h \
src/zGTF.h
zTrellis.o: src/zTrellis.c src/zTrellis.h src/zDNA.h src/zTools.h \
src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h src/zMath.h \
src/zModel.h src/zSfeature.h src/zEstseq.h src/zFastaFile.h \
src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h src/zAlnFeature.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h
zViterbi.o: src/zViterbi.c src/zTBTree.h src/zTools.h src/zTrellis.h \
src/zDNA.h src/zSequence.h src/zFeatureFactory.h src/zScanner.h \
src/zMath.h src/zModel.h src/zSfeature.h src/zEstseq.h src/zFastaFile.h \
src/zProtein.h src/zConseq.h src/zEstseqSearch.h \
src/zAlignmentScanner.h src/zAlignment.h src/zBNTreeModel.h \
src/bntree/bntree.h src/bntree/node.h src/bntree/cache.h \
src/bntree/celllistitem.h src/zStopSeq.h src/zHMM.h src/zAlnFeature.h \
src/zDuration.h src/zDistribution.h src/zHMM_State.h src/zTransition.h \
src/zPhasePref.h src/zGTF.h src/zViterbi.h src/zPairTrellis.h \
src/zPairTransition.h src/zSeedUtils.h
GLIB_CFLAGS=-I/usr/include/glib-2.0 -I/usr/lib64/glib-2.0/include -DHAS_GLIB
GLIB_LFLAGS=-lglib-2.0 -static -DHAS_GLIB