-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
PROT-Translating RNA into Protein.py
39 lines (32 loc) · 1.34 KB
/
PROT-Translating RNA into Protein.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
'''
Rosalind Problems: [PROT] Translating RNA into Protein
'''
def translate(rnaseq):
codon_table = { 'UUU': 'F', 'CUU': 'L', 'AUU': 'I', 'GUU': 'V', \
'UUC': 'F', 'CUC': 'L', 'AUC': 'I', 'GUC': 'V', \
'UUA': 'L', 'CUA': 'L', 'AUA': 'I', 'GUA': 'V', \
'UUG': 'L', 'CUG': 'L', 'AUG': 'M', 'GUG': 'V', \
'UCU': 'S', 'CCU': 'P', 'ACU': 'T', 'GCU': 'A', \
'UCC': 'S', 'CCC': 'P', 'ACC': 'T', 'GCC': 'A', \
'UCA': 'S', 'CCA': 'P', 'ACA': 'T', 'GCA': 'A', \
'UCG': 'S', 'CCG': 'P', 'ACG': 'T', 'GCG': 'A', \
'UAU': 'Y', 'CAU': 'H', 'AAU': 'N', 'GAU': 'D', \
'UAC': 'Y', 'CAC': 'H', 'AAC': 'N', 'GAC': 'D', \
'UAA': 'Stop', 'CAA': 'Q', 'AAA': 'K', 'GAA': 'E', \
'UAG': 'Stop', 'CAG': 'Q', 'AAG': 'K', 'GAG': 'E', \
'UGU': 'C', 'CGU': 'R', 'AGU': 'S', 'GGU': 'G', \
'UGC': 'C', 'CGC': 'R', 'AGC': 'S', 'GGC': 'G', \
'UGA': 'Stop', 'CGA': 'R', 'AGA': 'R', 'GGA': 'G', \
'UGG': 'W', 'CGG': 'R', 'AGG': 'R', 'GGG': 'G'}
length = len(rnaseq)
proseq = []
for i in range(0,length,3):
triplet = rnaseq[i:i+3]
if codon_table[str(triplet)] != 'Stop':
proseq.append(codon_table[str(triplet)])
else:
break
proseq = ''.join(proseq)
return proseq
rna = 'AUGGUCUACAUAGCUGACAAACAGCACGUAGCAUCUCGAGAGGCAUAUGGUCACAUGUUCAAAGUUUGCGCCUAG'
print(translate(rna))