diff --git a/CHANGELOG.md b/CHANGELOG.md index 16f813fe..f1bb6ee1 100644 --- a/CHANGELOG.md +++ b/CHANGELOG.md @@ -3,6 +3,17 @@ The format is based on [Keep a Changelog](https://keepachangelog.com/en/1.0.0/) and this project adheres to [Semantic Versioning](https://semver.org/spec/v2.0.0.html). +## v0.1.2 - [2024-05-02] + +### Added + +### Changed + +- Changed default values for database parameters `--dehosting_idx`, `--mash_sketch`, `--kraken2_db`, and `--bakta_db` to null. +- Enabled checking for existance of database files in JSON Schema to avoid issues with staging non-existent files in Azure. +- Set `--kraken2_db` to be a required parameter for the pipeline. +- Hide bakta parameters from IRIDA Next UI. + ## v0.1.1 - [2024-04-22] ### Added diff --git a/conf/test.config b/conf/test.config index 7051f8f6..1949a029 100644 --- a/conf/test.config +++ b/conf/test.config @@ -25,10 +25,14 @@ params { platform = "illumina" - mash.mash_sketch = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy-staph-ecoli.msh" + mash_sketch = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy-staph-ecoli.msh" + mash.mash_sketch = mash_sketch mash.min_kmer = 1 - r_contaminants.mega_mm2_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + r_contaminants.mega_mm2_idx = dehosting_idx + kraken2_db = "${projectDir}/tests/data/kraken2/test" + kraken.db = kraken2_db fastp.args.illumina = "-Q" min_reads = 100 diff --git a/nextflow.config b/nextflow.config index 23425e17..9106e349 100644 --- a/nextflow.config +++ b/nextflow.config @@ -69,10 +69,10 @@ params { // Datasets - dehosting_idx = "./databases/PhiPacHum_m2.idx" // mm2 index - mash_sketch = "./databases/GTDBSketch_20231003.msh" // Make sure comments are formatted as taxonomic strings - bakta_db = "./databases/db-light" - kraken2_db = "./databases/k2_standard_20220607/" + dehosting_idx = null // mm2 index + mash_sketch = null // Make sure comments are formatted as taxonomic strings + bakta_db = null + kraken2_db = null staramr_db = null // Recommended usage is to use the default database in the container @@ -1026,7 +1026,7 @@ manifest { description = """Mikrokondo beta""" mainScript = 'main.nf' nextflowVersion = '!>=23.04.0' - version = '0.1.1' + version = '0.1.2' defaultBranch = 'main' doi = '' } diff --git a/nextflow_schema.json b/nextflow_schema.json index 33518277..d4a1a6ab 100644 --- a/nextflow_schema.json +++ b/nextflow_schema.json @@ -76,43 +76,46 @@ "properties": { "dehosting_idx": { "type": "string", - "default": "./databases/PhiPacHum_m2.idx", "description": "Mash sketch used for contamination detection and speciation (Sketch comments must be a taxonomic string similar to what Kraken2 outputs)", "pattern": "^\\S+$", + "exists": true, "format": "file-path" }, "mash_sketch": { "type": "string", - "default": "./databases/GTDBSketch_20231003.msh", "description": "Minimpa2 index for dehosting and kitome removal", "pattern": "^\\S+$", + "exists": true, "format": "file-path" }, - "bakta_db": { + "kraken2_db": { "type": "string", - "description": "Database use for bakta, this value is optional as bakta can be skipped", - "default": "./databases/db-light", + "description": "Kraken2 database", "pattern": "^\\S+$", + "exists": true, "format": "directory-path" }, - "kraken2_db": { + "bakta_db": { "type": "string", - "default": "./databases/k2_standard_20220607/", - "description": "Kraken2 database", + "description": "Database use for bakta, this value is optional as bakta can be skipped", "pattern": "^\\S+$", - "format": "directory-path" + "exists": true, + "format": "directory-path", + "hidden": true }, "staramr_db": { "type": "string", "description": "It is recommended to use the StarAMR database in the StarAMR container however, an external option can be specified", "pattern": "^\\S+$", + "exists": true, "format": "directory-path", "hidden": true } }, "required": [ "dehosting_idx", - "mash_sketch" + "mash_sketch", + "kraken2_db" ], "description": "The location of databases used by mikrokondo" }, @@ -355,8 +358,9 @@ }, "skip_bakta": { "type": "boolean", - "default": true, - "description": "Skip annotation with Bakta" + "default": true, + "description": "Skip annotation with Bakta", + "hidden": true }, "skip_abricate": { "type": "boolean", diff --git a/subworkflows/local/annotate_genomes.nf b/subworkflows/local/annotate_genomes.nf index 856acf27..89afc111 100644 --- a/subworkflows/local/annotate_genomes.nf +++ b/subworkflows/local/annotate_genomes.nf @@ -28,7 +28,7 @@ workflow ANNOTATE_GENOMES { txt = channel.empty() abricate_report = channel.empty() - if(!params.skip_bakta){ + if(!params.skip_bakta && params.bakta.db){ db_file = Channel.value("${params.bakta.db}") annotated = BAKTA_ANNOTATE(contig_data, db_file, [], [], [], [], [], []) // empty channels for optional arguments diff --git a/subworkflows/local/clean_reads.nf b/subworkflows/local/clean_reads.nf index ae14046f..b2de50f0 100644 --- a/subworkflows/local/clean_reads.nf +++ b/subworkflows/local/clean_reads.nf @@ -29,7 +29,7 @@ workflow QC_READS { // TODO add in code to check that there are always enough reads left over after decontamination // TODO need to make sure that if one read is unmapped the other is not included as well - deconned_reads = REMOVE_CONTAMINANTS(reads, file(params.r_contaminants.mega_mm2_idx), Channel.value(platform_comp)) + deconned_reads = REMOVE_CONTAMINANTS(reads, params.r_contaminants.mega_mm2_idx ? file(params.r_contaminants.mega_mm2_idx) : error("--dehosting_idx ${params.dehosting_idx} is invalid"), Channel.value(platform_comp)) versions = versions.mix(REMOVE_CONTAMINANTS.out.versions) @@ -139,7 +139,7 @@ workflow QC_READS { ch_prepped_reads = filtered_samples // put in un-downsampled reads } - mash_screen_out = MASH_SCREEN(ch_prepped_reads, file(params.mash.mash_sketch)) + mash_screen_out = MASH_SCREEN(ch_prepped_reads, params.mash.mash_sketch ? file(params.mash.mash_sketch) : error("--mash_sketch ${params.mash_sketch} is invalid")) versions = versions.mix(mash_screen_out.versions) diff --git a/subworkflows/local/determine_species.nf b/subworkflows/local/determine_species.nf index e53a65fd..a99f6cc7 100644 --- a/subworkflows/local/determine_species.nf +++ b/subworkflows/local/determine_species.nf @@ -20,7 +20,7 @@ workflow DETERMINE_SPECIES { versions = Channel.empty() if (params.run_kraken){ log.info "Running kraken2 for contigs classification" - KRAKEN(contigs, file(params.kraken.db)) + KRAKEN(contigs, params.kraken.db ? file(params.kraken.db) : error("--kraken2_db ${params.kraken.db} is invalid")) // join contigs for classification split_contigs = KRAKEN.out.classified_contigs.join(KRAKEN.out.report).join(KRAKEN.out.kraken_output) @@ -40,7 +40,7 @@ workflow DETERMINE_SPECIES { }else { log.info "Using mash screen for sample classification" - MASH_SCREEN(contigs, file(params.mash.mash_sketch)) + MASH_SCREEN(contigs, params.mash.mash_sketch ? file(params.mash.mash_sketch) : error("--mash_sketch ${params.mash_sketch} is invalid")) results = results.mix(MASH_SCREEN.out.mash_data) parsed = PARSE_MASH(MASH_SCREEN.out.mash_data, Channel.value("top")) diff --git a/subworkflows/local/split_metagenomic.nf b/subworkflows/local/split_metagenomic.nf index 26e75042..ac540116 100644 --- a/subworkflows/local/split_metagenomic.nf +++ b/subworkflows/local/split_metagenomic.nf @@ -27,7 +27,7 @@ workflow SPLIT_METAGENOMIC { contigs = contigs.map{ meta, contigs, reads -> tuple(meta, contigs) } - kraken_out = KRAKEN(contigs, file(params.kraken.db)) + kraken_out = KRAKEN(contigs, params.kraken.db ? file(params.kraken.db) : error("--kraken_db ${params.kraken2_db} is invalid")) staged_kraken_data = kraken_out.classified_contigs.join(kraken_out.report).join(kraken_out.kraken_output) binned_data = BIN_KRAKEN2(staged_kraken_data, Channel.value(params.kraken_bin.taxonomic_level)) diff --git a/tests/data/kraken2/README.md b/tests/data/kraken2/README.md new file mode 100644 index 00000000..15d39464 --- /dev/null +++ b/tests/data/kraken2/README.md @@ -0,0 +1 @@ +Data within this test is taken from the kraken2 test data set here: https://github.com/DerrickWood/kraken2/tree/master/data diff --git a/tests/data/kraken2/output.k2.cls.fa b/tests/data/kraken2/output.k2.cls.fa new file mode 100644 index 00000000..4de77a0d --- /dev/null +++ b/tests/data/kraken2/output.k2.cls.fa @@ -0,0 +1,76 @@ +>kraken:taxid|2697049|NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome kraken:taxid|2697049 +ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTGGCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTTAACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACCACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTTAAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGAAATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAAGCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAATCAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAGTGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCAAGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAATGCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCAGGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGCCTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTCTTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTGTGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACAAGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGCGTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTATGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCCAGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTCTTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAAAGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGATAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCACCTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTACAACAGTAGACAACATTAAC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+>kraken:taxid|10710|NC_001416.1 Enterobacteria phage lambda, complete genome kraken:taxid|10710 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Influenza B virus (B/Lee/1940) + 7.89 3 0 O 76804 Nidovirales + 7.89 3 0 O1 2499399 Cornidovirineae + 7.89 3 0 F 11118 Coronaviridae + 7.89 3 0 F1 2501931 Orthocoronavirinae + 7.89 3 0 G 694002 Betacoronavirus + 5.26 2 0 G1 2509511 Sarbecovirus + 5.26 2 0 S 694009 Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus + 5.26 2 2 S1 2697049 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 + 2.63 1 0 G1 2509494 Merbecovirus + 2.63 1 1 S 1335626 Middle East respiratory syndrome-related coronavirus + 5.26 2 0 O 2169561 Ortervirales + 5.26 2 0 F 11632 Retroviridae + 5.26 2 0 F1 327045 Orthoretrovirinae + 5.26 2 0 G 11646 Lentivirus + 2.63 1 1 S 11676 Human immunodeficiency virus 1 + 2.63 1 1 S 11709 Human immunodeficiency virus 2 + 2.63 1 0 O 28883 Caudovirales + 2.63 1 0 F 10699 Siphoviridae + 2.63 1 0 G 186765 Lambdavirus + 2.63 1 1 S 10710 Escherichia virus Lambda diff --git a/tests/data/kraken2/test/hash.k2d b/tests/data/kraken2/test/hash.k2d new file mode 100644 index 00000000..f592a741 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2697049 diff --git a/tests/data/kraken2/test/taxo.k2d b/tests/data/kraken2/test/taxo.k2d new file mode 100644 index 00000000..391bd071 Binary files /dev/null and b/tests/data/kraken2/test/taxo.k2d differ diff --git a/tests/data/kraken2/test_fasta.fa b/tests/data/kraken2/test_fasta.fa new file mode 100644 index 00000000..5b852799 --- /dev/null +++ b/tests/data/kraken2/test_fasta.fa @@ -0,0 +1,2718 @@ +>kraken:taxid|2697049|NC_045512.2 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome +ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAA +AATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGG +ACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTT +CGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGC +CTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACAT 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+AGCGAAAGCAGGTACTGATCCAAAATGGAAGATTTTGTGCGACAATGCTTCAATCCGATGATTGTCGAGCTTGCGGAAAA +AACAATGAAAGAGTATGGGGAGGACCTGAAAATCGAAACAAACAAATTTGCAGCAATATGCACTCACTTGGAAGTATGCT +TCATGTATTCAGATTTCCACTTCATCAATGAGCAAGGCGAGTCAATAATCGTAGAACTTGGTGATCCTAATGCACTTTTG +AAGCACAGATTTGAAATAATCGAGGGAAGAGATCGCACAATGGCCTGGACAGTAGTAAACAGTATTTGCAACACTACAGG +GGCTGAGAAACCAAAGTTTCTACCAGATTTGTATGATTACAAGGAAAATAGATTCATCGAAATTGGAGTAACAAGGAGAG +AAGTTCACATATACTATCTGGAAAAGGCCAATAAAATTAAATCTGAGAAAACACACATCCACATTTTCTCGTTCACTGGG +GAAGAAATGGCCACAAAGGCCGACTACACTCTCGATGAAGAAAGCAGGGCTAGGATCAAAACCAGGCTATTCACCATAAG +ACAAGAAATGGCCAGCAGAGGCCTCTGGGATTCCTTTCGTCAGTCCGAGAGAGGAGAAGAGACAATTGAAGAAAGGTTTG +AAATCACAGGAACAATGCGCAAGCTTGCCGACCAAAGTCTCCCGCCGAACTTCTCCAGCCTTGAAAATTTTAGAGCCTAT +GTGGATGGATTCGAACCGAACGGCTACATTGAGGGCAAGCTGTCTCAAATGTCCAAAGAAGTAAATGCTAGAATTGAACC +TTTTTTGAAAACAACACCACGACCACTTAGACTTCCGAATGGGCCTCCCTGTTCTCAGCGGTCCAAATTCCTGCTGATGG +ATGCCTTAAAATTAAGCATTGAGGACCCAAGTCATGAAGGAGAGGGAATACCGCTATATGATGCAATCAAATGCATGAGA 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Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 1, complete sequence +AGCAAAAGCAGGTCAATTATATTCAGTATGGAAAGAATAAAAGAACTACGGAACCTGATGTCGCAGTCTCGCACTCGCGA +GATACTGACAAAAACCACAGTGGACCATATGGCCATAATTAAGAAGTACACATCGGGGAGACAGGAAAAGAACCCGTCAC +TTAGGATGAAATGGATGATGGCAATGAAATACCCAATCACTGCTGACAAAAGGATAACAGAAATGGTTCCGGAGAGAAAT +GAACAAGGACAAACTCTATGGAGTAAAATGAGTGATGCTGGATCAGATCGAGTGATGGTATCACCTTTGGCTGTAACATG +GTGGAATAGAAATGGACCCGTGGCAAGTACGGTCCATTACCCAAAAGTATACAAGACTTATTTTGACAAAGTCGAAAGGT +TAAAACATGGAACCTTTGGCCCTGTTCATTTTAGAAATCAAGTCAAGATACGCAGAAGAGTAGACATAAACCCTGGTCAT +GCAGACCTCAGTGCCAAAGAGGCACAAGATGTAATTATGGAAGTTGTTTTTCCCAATGAAGTGGGAGCCAGGATACTAAC +ATCAGAATCGCAATTAACAATAACTAAAGAGAAAAAAGAAGAACTCCGAGATTGCAAAATTTCTCCCTTGATGGTTGCAT +ACATGTTAGAGAGAGAACTTGTCCGAAAAACAAGATTTCTCCCAGTTGCTGGCGGAACAAGCAGTATATACATTGAAGTC +TTACATTTGACTCAAGGAACGTGTTGGGAACAAATGTACACTCCAGGTGGAGAAGTGAGGAATGACGATGTTGACCAAAG +CCTAATTATTGCGGCCAGGAACATAGTAAGAAGAGCTGCAGTATCAGCAGATCCACTAGCATCTTTATTGGAGATGTGCC 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+TTTAGAAAAAAACTCCTTGTTTCTACT +>kraken:taxid|335341|NC_007367.1 Influenza A virus (A/New York/392/2004(H3N2)) segment 7, complete sequence +AGCAAAAGCAGGTAGATATTGAAAGATGAGCCTTCTAACCGAGGTCGAAACGTATGTTCTCTCTATCGTTCCATCAGGCC +CCCTCAAAGCCGAGATCGCGCAGAGACTTGAAGATGTCTTTGCTGGGAAAAACACAGATCTTGAGGCTCTCATGGAATGG +CTAAAGACAAGACCAATTCTGTCACCTCTGACTAAGGGGATTTTGGGGTTTGTGTTCACGCTCACCGTGCCCAGTGAGCG +AGGACTGCAGCGTAGACGCTTTGTCCAAAATGCCCTCAATGGGAATGGAGATCCAAATAACATGGACAAAGCAGTTAAAC +TGTATAGGAAACTTAAGAGGGAGATAACGTTCCATGGGGCCAAAGAAATAGCTCTCAGTTATTCTGCTGGTGCACTTGCC +AGTTGCATGGGCCTCATATACAATAGGATGGGGGCTGTAACCACTGAAGTGGCATTTGGCCTGGTATGTGCAACATGTGA +ACAGATTGCTGACTCCCAGCACAGGTCTCATAGGCAAATGGTGGCAACAACCAATCCATTAATAAAACATGAGAACAGAA +TGGTTTTGGCCAGCACTACAGCTAAGGCTATGGAGCAAATGGCTGGATCAAGTGAGCAGGCAGCGGAGGCCATGGAAATT +GCTAGTCAGGCCAGGCAAATGGTGCAGGCAATGAGAGCCGTTGGGACTCATCCTAGCTCCAGTACTGGTCTAAGAGATGA +TCTTCTTGAAAATTTGCAGACCTATCAGAAACGAATGGGGGTGCAGATGCAACGATTCAAGTGACCCGCTTGTTGTTGCC 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a/tests/main.nf.test b/tests/main.nf.test index 099d3274..8bab62cf 100644 --- a/tests/main.nf.test +++ b/tests/main.nf.test @@ -18,6 +18,8 @@ nextflow_pipeline { dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" + min_reads = 100 skip_bakta = true @@ -90,6 +92,7 @@ nextflow_pipeline { mh_min_kmer = 1 dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" min_reads = 100 @@ -192,6 +195,7 @@ nextflow_pipeline { mh_min_kmer = 1 dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" min_reads = 100 @@ -231,6 +235,8 @@ nextflow_pipeline { dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" + min_reads = 100 skip_bakta = true @@ -268,6 +274,8 @@ nextflow_pipeline { dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" + min_reads = 100 skip_bakta = true @@ -290,4 +298,80 @@ nextflow_pipeline { assert workflow.stderr.contains("* --mash_sketch: string [invalid path] does not match pattern ^\\S+\$ (invalid path)") } } + + test("Test validation of databases parameters check for file existence") { + tag "fail_validation" + + when { + params { + input = "https://raw.githubusercontent.com/phac-nml/mikrokondo/dev/tests/data/samplesheets/samplesheet-small-assembly.csv" + outdir = "results" + + platform = "illumina" + + mh_min_kmer = 1 + + dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" + + min_reads = 100 + + skip_bakta = true + skip_staramr = false + skip_mobrecon = false + skip_checkm = false + skip_raw_read_metrics = false + 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+ } + } + + then { + assert workflow.failed + assert workflow.stderr.contains("* Missing required parameter: --dehosting_idx") + } + } } diff --git a/tests/pipelines/main.from_assemblies.nf.test b/tests/pipelines/main.from_assemblies.nf.test index c4cf6b8e..a62bb217 100644 --- a/tests/pipelines/main.from_assemblies.nf.test +++ b/tests/pipelines/main.from_assemblies.nf.test @@ -15,6 +15,7 @@ nextflow_pipeline { mash_sketch = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy-staph-ecoli.msh" dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" qt_min_contig_length = 1 skip_bakta = true @@ -119,6 +120,7 @@ nextflow_pipeline { mash_sketch = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/mash.msh" dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" qt_min_contig_length = 1 skip_bakta = true @@ -126,7 +128,7 @@ nextflow_pipeline { skip_checkm = true skip_raw_read_metrics = true skip_polishing = true - + skip_staramr = false skip_subtyping = false @@ -244,6 +246,7 @@ nextflow_pipeline { mash_sketch = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/mash.msh" dehosting_idx = "https://github.com/phac-nml/mikrokondo/raw/dev/tests/data/databases/campy.mmi" + kraken2_db = "$baseDir/tests/data/kraken2/test" qt_min_contig_length = 1 skip_bakta = true @@ -251,7 +254,7 @@ nextflow_pipeline { skip_checkm = true skip_raw_read_metrics = true skip_polishing = true - + skip_staramr = false skip_subtyping = false