「Bioinformatics with R Cookbook」2015-16年度輪読会
初心者向けBioinformatics輪読演習を行います(NIG遺伝研大量遺伝 神沼)
- ＊ノートパソコン必携
- ＊演習形式
- ＊隔週月曜日11:00-12:00 NIG-W403
開催日
| 日時 | 章 | ページ | 内容 | |
|---|---|---|---|---|
| 1回目 | 2015/4/6 11:00-12:00 | 1 | 7-15 | 基本操作[class,dim,iris data, etc] |
| 2回目 | 2015/4/20 11:00-12:00 | 1 | 15-18 | 基本操作[str,rnorm,subset,etc] |
| 3回目 | 2015/5/12 11:00-12:00(11日から変更しました) | 1 | 19-28 | 基本統計量, 検定, plot視覚化 |
| 4回目 | 2015/5/25 11:00-12:00 | 1 | 29-32 | NCBI Entrez, EUtils* |
| 4回目補講 | 2015/5/25補講 11:00-12:00 | 1 | 23-25 | t検定, t統計量 |
| 5回目 | 2015/6/8 11:00-12:00 | 1 | 33-35 | Biomart |
| 6回目 | 2015/6/23(火) 11:00-12:00(22から変更しました15/5/25) | 9 | 271-274 | k-means, AIC/BIC |
| 7回目 | 2015/7/6 11:00-12:00 | 9 | 275-281 | Cluster dendrogram, Silhouette plot |
| 8回目 | 2015/7/21(火) 13:30-14:30 | 9 | 282-285 | LDA, DecisionTree, SVM |
| 9回目 | 2015/8/3 11:00-12:00 | 9 | 286-292 | Naive Bayes, Bootstrapping, Cross-validation |
| 10回目 | 2015/9/7 11:00-12:00 | 9 | 293-298 | ROC curve, AUC |
| 11回目 | 2015/10/6 11:00-12:00 | 2 | 37-46 | Bioconductor, HGU133 Array, KEGG |
| 12回目 | 2015/10/13(火) 13:30-14:30 | 2 | 46-48 | Bioconductor, GO |
| 13回目 | 2015/10/27(火) 11:00-12:00(26日から変更しました) | 2 | 48-56 | Gene enrichment test(GO, KEGG pathway) |
| 14回目 | 2015/11/5(木) 11:00-12:00(9日から変更しました) | 3 | 57-68 | GenBank, fasta, GC content |
| 15回目 | 2015/11/24 11:00-12:00 | 3 | 69-80 | Pairwise/Multiple sequence alignment, Phylogenetic analysis |
| 16回目 | 2015/12/7 11:00-12:00 | 3 | 80-86 | Blast results, Similarity matrix, Pattern finding |
| 17回目 | 2015/12/21 11:00-12:00 | 4 | 87-106 | UniProt, Protein sequence alignment, PDB |
| 18回目 | 2016/1/8 11:00-12:00 | 7 | 195-210 | MassSpectrum, m/z ratio, Intensity, Bruker format |
| 19回目 | 2016/1/18 11:00-12:00 | 7 | 211-223 | Peak detection, Peptide identification, Protein quantification analysis |
| 20回目 | 2016/2/1 11:00-12:00 | 7,6 | 224-231,155-159 | SNP association analysis(single SNP) |
| 21回目 | 2016/3/7 11:00-12:00 | 6 | 160-168 | SNP association analysis(multiple SNPs, genome-wide) |
| 22回目 | 2016/3/25 11:00-12:00 | 6 | 168-175 | Missing Call Rate, GWAS data format |
| 23回目 | 2016/4/11 11:00-12:00 | * | * | 初回参加者向け説明：Instruction Only |
| 24回目 | 2016/4/25 11:00-12:00 | 6 | 176-181 | SNP annotation, Hardy-Weinberg equilibrium |
| 25回目 | 2016/5/16 11:00-12:00 | 6 | 182-194 | CNV association, Visualization in GWAS studies |
| 26回目 | 2016/5/30 11:00-12:00 | 8 | 233-240 | Analyzing NGS Data, SRA database, FASTQ files |
| 27回目 | 2016/6/15 11:00-12:00 | 8 | 241-250 | Read alignment, Preprocessing, RNAseq wt edgeR |
| 28回目 | 2016/6/27 11:00-12:00 | 8 | 251-254 | Differential analysis of NGS data wt limma |
| 29回目 | 2016/7/13 11:00-12:00 | 8 | 255-259 | GO enrichment for RNAseq data, KEGG enrichment |
| 30回目 | 2016/8/1 11:00-12:00 | 8 | 260-266 | methylation data, chipseq data |